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La detección y cuantificación del DNA – material genético – viral, es una excelente forma de monitorizar el grado de replicación, se usa frecuentemente para diagnosticar y monitorizar la respuesta a terapia. La carga viral – amplificación de ADN viral por técnicas moleculares -, es útil en la fase crónica en el portador inactivo HBeAg (–) para evaluar la necesidad de tratamiento, en el portador HBeAg (+) se evalúa hasta la seroconversión. También se utiliza en el monitoreo del tratamiento antiviral, actualmente debajo de 2.000 Ul/ml se considera portador inactivo. La seroconversión HBeAg / antiHBeAg indica la resolución en la hepatitis aguda o el pasaje a portador inactivo en una enfermedad crónica.